במגילת איכה נשמע לראשונה קול נקבי על־זמני במסורת המקראית: קולה של בת־ציון, המקוננת על חורבן ירושלים ועל עמה הגולה. מכאן עוקב החיבור אחר גלגוליהם של שני מושגי יסוד, השכינה והמשיח, לאורך אלפי שנות מסורת יהודית: מספרות ההיכלות והמרכבה, דרך ספר הזוהר ומקובלי ספרד, ועד לעולמם של הבעש"ט, ר' יוסף קארו והרב קוק. גלות השכינה וגאולתה הם ציר הספר. השכינה, שנולדה לפי המסורת ביום חורבן המקדש, מלווה את העם בנדודיו; גאולתה תלויה בתיקון עולם ובייחוד הקדוש ברוך הוא והשכינה שאליו מכוונות תפילה ומצווה. החיבור מראה כיצד זוג מושגים זה, שורשיו בקינה ובחורבן, הפך לציר שסביבו סובבת תודעת הגלות והגאולה היהודית לאורך הדורות.